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1954年7月，公(gong)司(si)前身(shen)“中國醫藥(yao)(yao)公(gong)司(si)常州市公(gong)司(si)”正(zheng)式成(cheng)立。后更名(ming)為江蘇省(sheng)常州醫藥(yao)(yao)藥(yao)(yao)材公(gong)司(si)，即江蘇省(sheng)醫藥(yao)(yao)公(gong)司(si)常州采(cai)購供應站。
1993年11月，經(jing)江蘇(su)省經(jing)濟體(ti)制改革委員會批準，在原江蘇(su)省常(chang)州醫藥(yao)藥(yao)材公(gong)司(si)的(de)基礎上進(jin)行整(zheng)體(ti)改制設(she)立定(ding)向募集股(gu)份有(you)限公(gong)司(si)——常(chang)州藥(yao)業(ye)股(gu)份有(you)限公(gong)司(si)。
1994年2月，公司兼并國有企業常州健民制藥(yao)廠。
1997年9月，公司兼并(bing)國有企業常(chang)州制藥廠。
;2000年7月(yue)，上海實業醫藥投資股(gu)(gu)份有限公司通(tong)過收購(gou)常(chang)州藥業的2310萬股(gu)(gu)法人股(gu)(gu)，持股(gu)(gu)42%。
2002年，上海實業(ye)醫藥投(tou)資(zi)股(gu)(gu)份有(you)限公司(si)通過配(pei)股(gu)(gu)1848萬(wan)股(gu)(gu)增資(zi)6190.8萬(wan)元，持股(gu)(gu)55.75%，成為控股(gu)(gu)股(gu)(gu)東。
2005年7月，公(gong)司在原(yuan)有(you)5個批發分(fen)公(gong)司的基礎上，組(zu)建(jian)常州藥(yao)業(ye)股份有(you)限公(gong)司醫藥(yao)藥(yao)材分(fen)公(gong)司。
2010年(nian)3月，上海實業醫(yi)(yi)藥投資股(gu)份(fen)有(you)限(xian)公(gong)司(si)因重大(da)資產重組(zu)被上海醫(yi)(yi)藥集(ji)團股(gu)份(fen)有(you)限(xian)公(gong)司(si)吸(xi)收合并，公(gong)司(si)控(kong)股(gu)股(gu)東變更(geng)為上海醫(yi)(yi)藥集(ji)團股(gu)份(fen)有(you)限(xian)公(gong)司(si)。
2010年(nian)11月，上(shang)海醫藥(yao)集(ji)團股(gu)(gu)份有限公(gong)司(si)(si)下屬(shu)的控股(gu)(gu)公(gong)司(si)(si)——上(shang)海實(shi)業(ye)聯合集(ji)團藥(yao)業(ye)有限公(gong)司(si)(si)以其所持有的赤(chi)峰科元投資發展有限公(gong)司(si)(si)51%股(gu)(gu)權對公(gong)司(si)(si)增資擴股(gu)(gu)，并成(cheng)為公(gong)司(si)(si)的新股(gu)(gu)東。
2012年，公司下屬(shu)常州制藥(yao)廠有限(xian)公司投資1.5億元，在(zai)江蘇如東經濟開發區新建原料(liao)藥(yao)生(sheng)產基地—南通常佑藥(yao)業科(ke)技有限(xian)公司。
2012年，公(gong)司下屬常(chang)州制(zhi)(zhi)(zhi)藥廠(chang)有(you)限(xian)(xian)公(gong)司收購常(chang)州武(wu)新(xin)制(zhi)(zhi)(zhi)藥有(you)限(xian)(xian)公(gong)司，確保了重點制(zhi)(zhi)(zhi)劑品種(zhong)“常(chang)絳”主要(yao)原(yuan)料硫酸(suan)雙肼屈嗪的(de)正常(chang)供應。
2013年7月，公司完成內(nei)部(bu)職(zhi)工股和社會法人股股權收(shou)購工作，解決了公司股權過(guo)于分散的(de)問題，股東數由1459家(jia)減少(shao)為168家(jia)，上海醫(yi)藥(yao)集團股份有限公司直接（或間接）持有常州藥(yao)業股權比例上升至(zhi)75.89%。
2015年4月20日， “常州(zhou)藥(yao)業(ye)股份有限公(gong)司”正式更(geng)名(ming)為“上藥(yao)集團常州(zhou)藥(yao)業(ye)股份有限公(gong)司”。
2015年7月1日(ri)，常(chang)州(zhou)藥業股份(fen)(fen)有(you)限(xian)公(gong)司醫藥藥材分(fen)公(gong)司、常(chang)州(zhou)藥業股份(fen)(fen)有(you)限(xian)公(gong)司資產管理分(fen)公(gong)司整體(ti)并(bing)入上藥集團常(chang)州(zhou)藥業股份(fen)(fen)有(you)限(xian)公(gong)司。
2016年10月(yue)1日，總(zong)投資(zi)1.8億元的常州藥業醫藥物(wu)流中(zhong)心(xin)一(yi)期項(xiang)目順(shun)利竣工并(bing)投入(ru)使(shi)用。
2016年12月，公司下屬赤峰艾克制藥科技股份有限公司、赤峰蒙欣藥業有限公司通過實施“退城進園”項目，整體遷入新廠，并且兩年內完成了老廠區土地變現工作。 2017年12月，公司下屬常(chang)州制藥廠有限公司制劑國際化取(qu)得歷史(shi)性突破，瑞舒伐他汀鈣片成功(gong)銷往美國市場。
2018年7月，公(gong)司下屬常(chang)州制(zhi)藥廠有限公(gong)司卡托普利(li)片（25mg）業(ye)內(nei)率先通過仿制(zhi)藥質量和療效一致性評(ping)價。
2018年(nian)12月，總投資1.5億元的南通常佑藥業二期(qi)工程(cheng)竣工投入(ru)使用，基(ji)本消除了常州(zhou)制藥廠(chang)有限公司特色原料藥的產(chan)能瓶頸。
2019年3月，“常藥”商標(biao)被國家工商行政管理總(zong)局商標(biao)局認定(ding)為“中國馳(chi)名(ming)商標(biao)”。
2019年7月，常州(zhou)藥業物流中心(xin)二期項目投入運營，庫(ku)區新增了立體庫(ku)和自動化分揀線，倉儲和配送能(neng)力常州(zhou)領先(xian)。
2019年10月，公(gong)司競(jing)得常州(zhou)市天寧區鳳(feng)凰公(gong)園(yuan)西(xi)側商業地(di)塊（約43畝），并成立上藥(yao)(yao)東建(jian)房地(di)產有限公(gong)司，啟動上藥(yao)(yao)常藥(yao)(yao)和常藥(yao)(yao)廠（聯合）經營(ying)管理大樓的(de)建(jian)設。
2020年9月，公司下屬常州制藥廠生產的瑞舒伐他汀鈣片獲得國家藥監局（NMPA）批準上市，順利實現“國內國外雙市場、原料藥和制劑垂直一體化”的大滿貫布局。
2021年3月18日(ri)，上(shang)藥(yao)常藥(yao)商務中心(xin)項目（上(shang)藥(yao)常藥(yao)大廈）舉行開工(gong)奠基儀(yi)式(shi)。
2022年7月10日，上藥常藥商(shang)務中心項目(mu)舉行主樓(lou)封頂儀(yi)式。
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